Les collections de zoologie sont gérées par le Laboratoire d’Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés. Elles représentent un important patrimoine universitaire à vocation scientifique et pédagogique comportant plusieurs centaines de milliers de spécimens d’Invertébrés et de Vertébrés, ainsi que du matériel pédagogique (modèles Auzoux, éclatés anatomiques, planches, vitrines, …).